Faites cuire les pâtes selon les instructions du paquet puis égouttez-les.
Dans une casserole, faites fondre le beurre à feu moyen. Ajoutez l'oignon émincé et faites-le revenir jusqu'à ce qu'il soit translucide.
Ajoutez la farine en remuant pour obtenir un roux. Cuisez pendant 1 à 2 minutes.
Versez le lait progressivement en continuant à remuer pour éviter les grumeaux. Ajoutez la muscade, le sel et le poivre. Laissez mijoter pendant environ 5 minutes jusqu'à ce que la sauce épaississe.
Incorporez délicatement le thon égoutté et les pâtes cuites à la béchamel.
Versez le mélange dans un plat à gratin. Saupoudrez de fromage râpé sur le dessus.
Enfournez le gratin pendant 25 à 30 minutes, jusqu'à ce que le dessus soit doré.